당시 의약분업이 정부 강제 주도로 이루어지는 과정에서, 의사회와 협조하에 전국의 대학 병원들은 정부 정책에 반대하는 의사 표현의 일환으로, 진료 파업 이라는 초유의 사태에 직면하고 있었다.

이러한 때에 “ 전국의과대학 교수협의회” 회장단 모임이 구성되어 활성화되었으며, 대학병원 급의 진료파업 결정에 우리 학교 병원도 참여의 필요성이 제기되었다.
그 때까지 공식적인 우리 학교의 교수 협의체가 없었으며 따라서 진료파업 결정 투표에 참여자격을 가진 교협 회장이 없었으므로 우리 학교는 옵서버 자격으로 그 결정에 따라야만 했다.

이에 우리 학교 교수들도 절실히 “차의과학대학교 교수 협의회”를 갖고자 하는 열망이 생겨 의사들의 단결력이 극대화 되었을 때 교수 협의회를 만들고 회장을 뽑아서 공식적으로 “전국의과대학 교수협의회” 에 참여하여 우리의 의사 표시를 할 수 있게 되었다.

개교 이래 ‘교수 협의회’를 만들고자 하던 노력은 그 전에도 몇 번 있었지만, 여러가지 여건상 추진이 힘들었으나 의약분업 및 그에 따른 진료 파업이라는 전대미문의 사태와 중에 비교적 자연스럽게 교수 협의회의 탄생이 이루어졌다.

초대 회장으로는 조진호 교수(산부인과학)가 중책을 맡았다. 당시 의약분업 투쟁이 극에 달해 있었기 때문에 거의 매주 서울대에서 이루어진 교수협의회 회장단 모임에 적극 참여하여 우리 학교 교수들의 수렴된 의견을 “전국의과대학 교수협의회” 회장단 전체 회의에 개진하는 데 노력하였으며 그 결과 대외적으로 우리 학교의 위상을 올리는 큰 성과를 거두었다.

대내적으로는 교수협의회는 우리 병원 전공의 협의회 및 우리 의과대학 학생들과 긴밀한 관계를 유지하면서 공동으로 의사들의 투쟁에 참여하였다. 한편 휴업으로 인한 환자 감소로 병원이 재정적 압박을 많이 받고 있었기 때문에, 가급적 병원 경영에 피해가 극소화 하면서도, 대외적인 명분이 상하지 않게 많은 고심을 하였다.